Запускаем команду

sudo smartctl -a /dev/sda | grep Load_Cycle

и смотрим сколько раз у нас уже происходила реинициализация. В моём случае это 67171 (столько натикало фактически за пару недель, работы в Gutsy со щелчками). У каждого жесткого диска заявленное максимальное количество реинициализаций разное, но в среднем это от 200 000 до 600 000. Так что делайте выводы.

Решение для меня такое:
Редактируем /etc/hdparm.conf, добавляем в него следующие строки:

/dev/sda {
apm = 255
spindown_time = 0
}

Затем

sudo update-rc.d hdparm defaults

чтобы эти изменения применялись после каждого ребута.

Это эквивалентно выполнению следующих команд:

hdparm -B255 /dev/sda
hdparm -S0 /dev/sda

за исключением того, что команды эти нужно будет набирать каждый раз после ребута, или создавать соответствующие стартап скрипты.